（1）偏食、暴饮暴食。只吃高蛋白质、高脂肪、低食物纤维的以肉食为主的食物，有害菌会增加，还经常引起便秘。暴饮暴食会使肠胃负担增加，搞坏肠胃，削弱肠道功能。

（2）应激反应、过度劳累。人们常说“生气时吃饭不好消化”，如果有过多的精神刺激和过度疲劳会减弱肠的功能，还会减少胃酸和肠内分泌液，使细菌的平衡被打乱

（3）气候、温度。在实验室中发现，在过分热、过分冷的环境下，动物的肠内菌群发生了混乱，这与应激反应也有关系。在高湿度和强风地带饲养的的动物，其肠内菌群也产生混乱，并影响着它的生育。

（4）年龄增加。随着年龄的增加，身体的所有生理机能逐渐下降。肠的蠕动减弱，胃酸和肠内分泌液的分泌量也会减少。这会影响肠内菌群的布局，使得有益菌的双歧乳酸杆菌减少，有害菌增加。

（5）细菌污染。在同一医院出生的婴儿肠内发现同样的细菌，成年人在患病住院期间也会有同样情况发生。在医院内，同一种细菌在患者之间传播，从而引起菌群紊乱。

（6）药物（抗生素）。在生病时服用抗生素等药物会破坏肠内细菌布局。这是因为抗生素杀死了形成正常菌群的细菌，使外来的通过菌得以常驻下来，降低了对感染的抵抗力。

（7）疾病。研究表明，患肝硬化、慢性肾炎、癌的患者，肠内菌群也有有害菌占优势的特点。另外感冒、便秘、注射疫苗、接受放射治疗也导致有益菌的双歧乳酸杆菌减少，有害菌增加。